El Colegio Santa Cecilia tiene como misión principal fortalecer la inclusión y los valores humanos tales como el respeto, la responsabilidad, la pertinencia, la solidaridad, la amistad, la tolerancia y la ética, en todos los miembros de su comunidad educativa y que junto con el dominio de las ciencias del conocimiento alcancemos los objetivos y metas propuestas a corto, mediano y largo plazo.